Denominado Pinillos desde la edad media, este municipio estaba habitado por mozárabes e hispanos-visigodos en el siglo X. Dicha población se dedicaba a la agricultura, pastoreo y arte de la guerra. Con el asentamiento posterior del pueblo musulmán se producen represalias muy acentuadas en Pinos Genil. Incluso, debido a su localización, tuvo que intervenir Juan de Austria. A pesar de no contar con un castillo para su defensa, la naturaleza fortificó a Pinos con el escarpado y espectacular peñón que preside la cañada del Genil. A este peñón había que subir por unas escaleras abiertas a pico en la misma piedra. Desde su cima, usada a manera de plaza de armas, los pobladores musulmanes impedían en su época la entrada de los cristianos río arriba.
Las crónicas antiguas destacan la existencia de dos grandes cuevas inmediatas a este montículo en las que salvaguardar a la población y al ganado. La tranquilidad a la población de Pinos Genil llega tras la Reconquista y la firma de las Capitulaciones, aunque se rompe con las rebeliónes moriscas en el siglo XVI, que se extendieron hasta su expulsión un siglo después. Más tarde se produjo la repoblación de estas tierras. Recientemente el municipio se ha visto inmerso en un desarrollo urbanístico debido a que ha sido elegido como lugar de segunda residencia.